Несмотря на небольшие размеры, на Ометепе издревле жили люди. Считается, что первые поселения на нем появились в первом тысячелетии до нашей эры. Это были индейцы чибча и тиауанако. На острове обнаружено около двух тысяч каменных плит с петроглифами, а также, скульптуры, высеченные из базальта.

Петроглифы высечены линиями разной глубины. Некоторые – едва видны. Другие – глубже трех сантиметров. Возраст петроглифов точно не известен. Возможно, им несколько тысяч лет.

Наиболее часто встречающиеся мотивы – стилизованное изображение черепахи, и две спирали. Есть предположение, что две скрепленные спирали изображают остров с двумя вулканами.

На острове Ометепе сохранились и доиспанские скульптуры. Так, в городе Альтаграсия есть церковь, построенная в 1924 году, рядом с которой разбит парк доколумбовых скульптур, высеченных из базальта. Это большие человеческие фигуры и их альтер эго, в основном орлы и ягуары. Предполагают, что статуи созданы в девятом веке нашей эры.